Компресор водоника је технологија која користи компресор водоника као језгро за компримовање и транспорт гаса променом његове запремине. Примењује се у станицама за допуну водоника, хемијској индустрији и складиштењу енергије. Компресори су подељени у две главне категорије: механичке (са мембраном и хидрауличним погоном) и не-немеханичке. Мембрански компресори заузимају 70% тржишта, док су јонски компресори (као што су они из Линде групе у Немачкој, који су постигли притисак од 110 МПа) у развоју. Мембрански компресори користе трослојну металну мембрану за постизање нулте-компресије, док компресори на хидраулични погон имају предност компактне структуре, али представљају ризик од цурења водоника. Главни домаћи произвођачи су Зхонгдинг Хенгсхенг и Фенгдиан Јинкаивеи.

Структура водоничног компресора укључује основне компоненте као што су кућиште радилице, радилица и клипњача, као и компоненте као што су блок цилиндра, клип и хладњак. Једностепени-однос компресије је обично 3:1 до 4:1, а максимални радни притисак може да достигне 90МПа, као што је компресор водоника са хидрауличним погоном од 90МПа. У сценаријима станица за допуну водоником, компресори треба да подигну водоник до притиска пуњења од 35МПа/70МПа, што чини 13,4% трошкова изградње пумпних станица водоника са екстерним снабдевањем. Технички стандарди обухватају безбедносне прописе ГБ 4962-2008 и ГБ/Т 31138, између осталих стандарда и спецификација. Индустрија се креће ка опреми високог капацитета од 70 МПа, а одобрено је оснивање првог националног центра за инспекцију и тестирање квалитета за производњу водоника и опрему за пуњење горива.